A principios de mayo del 99 y entre un gran número de lanzamientos, corrió el rumor de un posible nuevo disco de The Mission UK. Para un tributo de los glamrockers Sweet, el clásico de the Metal Gurus Ballroom Blitz encontró su camino en The Sweet: Greatest Hits Remixed (CLP 0488). Y en verano, el tributo a U2 We Will Follow fue publicado. Entre el resto de versiones destacaba la versión de Wayne de All I Want Is You. Una mezcla de estilos que tomaba elementos vocales de Jim Kerr de Simple Minds y de Mr. Hewson, pero con inversiones armónicas y con ritmos añadidos al original.
También se anunció que Mission UK estaba participando en Virgin Voices II el proyecto de tributo a Madonna, en el cual se incluyó la canción Justify my love. A Flock of Seagulls: Greatest Hits Remixed y Missing Persons: Greatest Hits Remixed, también se publicaron, el primero contenía The More You Live (Mission UK Mix) y el segundo Destination Unknown (Mission UK Mix). También se rumoreó una versión del grupo Berlin entre otras mezclas de Hussey.
Algo muy esperado y que también se publicó fue el OneList Mission Tribute CD! Que incluía una larga lista de grupos versioneando sus canciones favoritas de The Mission. Forever & Again es un trabajo independiente sin intereses comerciales. Un proyecto de amor por la banda y su música.
Pero el proyecto que nos interesa es un album con nuevas remezclas de las canciones clásicas de The Mission, por Hussey que bautizó como : Reconstruction . ‘Voy a regrabar algunos de los Grandes éxitos de The Mission para un nuevo disco (con Cleopatra Records) para otoño del 99 . Puedo justificarlo diciendo que mientras que las canciones son buenas, algunas de las grabaciones originales no lo son y el tiempo no les ha sentado bien . Casos como el de Like A Child Again que será mejor (distinta) que la versión original y siempre quise la oportunidad de excusarme y regrabar algunas de estas canciones".
El disco se publicó el 7 de noviembre de 1999. ‘Solo quiero compartir con vosotros el hecho de que he terminado de remezclar mi disco Resurrection esta tarde. No os podreis creer el sentimiento de realización y descanso que siento en estos momentos. Las últimas 3 semanas he estado trabajando 15 horas diarias, 7 días a la semana, intentando terminar esta maldita obra. No se ni lo que ha pasado en el mundo estas últimas semanas, mi único contacto con el mundo exterior ha sido vía Internet y e-mail. Ahora podré volver a la normalidad, ya sabeis, con mi mujer, llevando al niño a Disneyland, pasear, etc…"
El 16 de octubre comenzó en Boston el Resurrection Tour 1999, que duró hasta el 2 de diciembre, "tras persuadir al miembro fundador Craig Adams a que volviera a la formación , ahora hay una banda real actuando en USA, formada por mi mismo, Craig Adams al bajo, Mark Thwaite a la guitarra, con Scott Garrett (ex-The Cult / Holy Barbarians) a la batería . Siento no coincidir con aquellos que esperaban a la formación original pero me temo que era logísticamente imposible. Se nos unirán en la gira Gene Loves Jezebel, y Mike Peters (de The Alarm )".
“He conenzado a idear un nuevo disco con material completamente nuevo y estoy comenzando a pensar que no es una mala idea. Necesito un descanso de tanto concierto y nunca realizaré una gira tan larga e intensa, aunque disfruto con la comunicación con el público de nuevo.”
2000
El 20 de abril comenzaba el Rencon 2000 Tour en South Africa y siguió hasta el 11 de diciembre en Brighton, parece ser que a Hussey le gustó bastante la idea de la comunicación en el escenario.
En Agosto se publicó un nuevo disco llamado "Everafter" con las grabaciones realizadas en los conciertos ofrecidos en la última gira, Rencon2000 y Resurrection Tour, que duró dos años y tocaron en muchos países incluidos SudAfrica, Grecia, España, Brasil, Portugal, Argentina, Belgica, Chile, Alemania, Holanda, Uk, Republica Checa, Suiza, Noruega, Mexico y USA. Incluye una versión de Crazy Horses y otra de Can´t help falling in love
2001
En Noviembre Wayne Hussey, Craig Adams, Mark Thwaite y Scott Garrett, editaron el anunciadísimo álbum "Aura", el primer disco de estudio desde hacía 5 años. La grabación fue entre los meses de diciembre 2000 y julio de 2001, fue remezclado por Dave Allen (Cure, Sisters, etc.) y Steve Power (Robbie Williams). También planearon la gira para presentar el nuevo disco. Esto marcaba el comienzo de una nueva etapa en la historia del grupo.
Evangeline conteniendo tres canciones adicionales no incluidas en Aura fue el primer single de la banda tras seis años.
El guitarrista Mark Thwaite, abandonó el grupo para seguir su carrera con Tricky, con el consentimiento de los otros tres miembros de The Mission, deseando suerte y éxito por el disco que ayudó a crear. En su lugar se incorporó Rob Holliday.
2002
Tras el lanzamiento de Aura, la banda realizó otra larga gira de presentación a través de todo el mundo AURA TOURA.
El bajista Craig Adams abandonó al grupo en mitad de la gira por SudAmérica por problemas personales, Wayne Hussey tuvo que terminar la gira en solitario y tocando con músicos de bandas locales sudamericanas. A su vuelta a España siguieron adelante con Richard Vernon en el bajo hasta terminar la gira. Tras finalizar AuraToura, Scott Garret también abandonó el grupo.
Shine like the stars se convierte en el segundo single editado perteneciente al actual álbum. Wayne Hussey Live and Acoustic Tour es la gira que el líder de la banda empezó en solitario en septiembre.
Aparece un nuevo álbum de The Mission con caras-b de los maxis de Aura, versiones en acústico, directos y rarezas. El disco lleva por título "Aural Delight". Se editaron dos versiones del mismo, una edición limitada que solo se pudo adquirir a través de Internet con 16 canciones, y otra que apareció posteriormente para venta en establecimientos con 4 canciones menos.
2003
Wayne Hussey actuó en su particular Show hasta el mes de julio en el que se reafirmó como el único miembro de la banda que ha estado en todas las formaciones y líder indiscutible.
Se anuncian 2 actuaciones en España, Barcelona y Murcia, aunque la segunda es anulada.
Durante el verano de este año, Wayne conoce al grupo italiano Votiva Lux y se intenta realizar un nuevo proyecto común aunque la idea no tiene éxito, Wayne graba 2 demos (Loop Dist y Thoka) con esta banda.
En Octubre se anuncia el Pilgrimage Tour 2003 por Europa, con Rob Holliday en la guitarra, Richard Vernon en el bajo eléctico y Steve Spring en la batería. Incluyen 3 actuaciones en España (Múrcia, Valencia y Barcelona).
Se publica en la web oficial de The Mission el calendario 2003 de la banda, donde mes a mes iban poniendo el fondo calendario con fotos inéditas de la banda.
2004
The Mission volvió a tocar como banda con los mismos componentes que iniciaron en 2003 el Pilgrimage Tour.
Se realizaron 2 giras cortas en su tierra natal UK, una en abril llamada Breathen Tour y otra en Octubre llamada Absolution Tour
En sus actuaciones en directo tocan una canción nueva llamada "Lighting the candles".
Terminan las actuaciones en directo para centrarse en la realización de un DVD con material inédito de la banda y el cd single edición limitada de "Breathe me in".
2005
Tras varios meses dedicados a la grabación aparecen simultaneamente en septiembre el DVD "Lighting the candles" con más de 3 horas de contenidos, con videos bootleg de la colección privada de Hussey, biografia, discografía, entrevistas, documentales, un concierto entero, y contenidos ocultos. El pack contiene 2 DVDs y un cd de audio.
También se edita en el mismo mes de septiembre el cd single "Breathe me in" que incluye 2 versiones de este tema y la canción "Light the candles" que interpretaban en directo durante las actuaciones que ofrecieron en 2004, junto con versiones de "Butterfly on a wheel" y "Tower of Strength" en directo en una edición limitada con solo 3000 copias. Este tema fue número uno durante 3 semanas consecutivas en las listas de Alemania. Este tema es incluido en la BSO del film de animación español "El Guerrero sin Nombre" (Mercenary) dirigido por el amigo de Wayne, David Iglesias.
El lanzamiento de sus nuevas grabaciones involucra a la banda en el Lighting the Candles tour 2005, en los meses de septiembre y octubre, durante el cual Rob Holliday abandona la banda y vuelve Mark H Thwayte a la guitarra tras haber acompañado a Peter Murphy en el "Unshattered Tour".
Durante esta gira interpretan un nuevo tema llamado "Keep it in the family".
Tras finalizar el grupo se retiró para disfrutar de unas merecidas vacaciones, anunciando que se dedicarían a la grabación de un nuevo album de estudio con nuevos temas que aparecería a finales de verando de 2006.
Simon Hinkler antiguo guitarrista de la banda publica su primer album en solitario llamado "Lose the Faith" en el mes de agosto.
2006
En marzo se edita un doble recopilatorio de rarezas de la epoca en Phonogram llamado "The Mission Anthology" incluyendo 30 temas y también una reedición en DVD de los clásicos videos "Crusade" y "Waves upon the sand".
Durante los meses de Agosto y Septiembre Wayne Hussey realizó una mini gira para promocionar la primera canción que publica bajo su nombre llamada "One thing leads to another" que aparece en el número 36 de la revista francesa D-Side Magazine.
Tras esta mini gira el grupo se centra en la grabación y remasterización de su nuevo album de estudio con el título provisional de MOIST
2007
Wayne Hussey colabora con la letra y poniendo la voz en el tema "In your eyes" del grupo polaco Agressiva 69
En marzo se publica el nuevo cd-single de la banda "Keep it in the family" y se realiza un concurso entre los fans para crear el video-clip, siendo el ganador Ennan Hammill de Aberdeen (Escocia).
En mayo se publica el esperadisimo nuevo album de estudio con el título de God is a Bullet, con un total de 15 canciones y una hora y media de duración, un premio merecido a tan larga espera. En el disco colaboran Simon Hinkler, Julienne Reagan, Tim Bricheno, Caroline Dale y Cathy Thomson. El producto es uno de los mejores discos de la banda manteniendo la esencia pero actualizando los sonidos a la época actual.
El tema Draped in Red, dedicado al equipo favorito de futbol de Wayne, el Liverpool, es puesto en los intermedios de los partidos de Champions League de este equipo que se clasificó para la final.
Tras el lanzamiento de este disco The Mission comienzan su Tour is a Bullet con tan solo 15 actuaciones. La actuación ofrecida en Londres en la Sala Shepherds Bush Empire es grabada y se lanza un CD doble en directo edición limitada titulado THE MISSION LIVE MMVII (Limited Edition). Anuncian para el año 2008 4 actuaciones en la misma sala dedicando cada velada a uno de sus 4 primeros albums.
En septiembre editan el segundo single, el tema es Blush
